馬士基航運2016年財報顯示，公司全年虧損3.76億美元（2015年盈利13.03億美元）。公司虧損的主要原因是運價與2015年相比下降19%。公司營業收入207億美元，與2015年相比降低13%（2015年237億美元）。
馬士基航運在2016年貨量增長9.4%。市場份額在所有航線上均有增長，但最大的增長來自于從歐洲向亞洲的航線上（增長19%），以及從北半球向南半球的航線上（增長7.3%）。在2016年底，馬士基航運總運力與2015年同期相比增長9.4%。公司持續嚴格管理運力，實現較高的船舶配載率。
馬士基航運首席財務官皮埃爾·丹內特（Pierre Danet）表示：“馬士基航運2016年業績出現虧損，主要是由于運價下滑了19%。全年業績并不盡如人意。但另一方面，公司贏得了市場份額，持續降低成本，提升了船舶配載率。馬士基航運保持了市場競爭力，同時制定了應對市場挑戰的相關戰略。這將確保公司繼續專注于為客戶服務，同時保持市場領先地位并重新扭虧為盈。”
在2016年，集裝箱航運需求增長在2%到3%左右，全球集裝箱航運運力與2015年相比增長4%。新增運力與退出運力之間的差距創下了近年來的新低。
與2015年相比，馬士基航運平均運價降低19%。盡管在2016年下半年市場有所好轉，運價仍面臨壓力，運價水平不可持續。
皮埃爾·丹內特表示：“總體而言，集裝箱航運需求增長低于預期。盡管如此，在2016年下半年，由于供需情況有所好轉，運價有所回升，市場環境與上半年相比有所改善。”
馬士基航運預計全球集裝箱航運需求在2017年增長將在2%至4%左右。
皮埃爾·丹內特表示：“盡管我們看到了一些市場好轉的跡象，但航運市場仍充滿挑戰。運價和需求水平仍然處于低位。這也是公司將繼續嚴格管理運力的原因。”
馬士基航運將推遲九艘14000標箱集裝箱船舶的交付。這些船舶的交付時間將被推遲一個月至一年不等。最后一艘新訂造船舶將在2018年底交付（此前計劃在2017年底交付）。該決定將對馬士基航運的現金流將起到積極影響。
馬士基航運有著明確的成本節約戰略，公司是馬士基集團海運及物流業務板塊的組成部分。該業務板塊將通過創新和數字化解決方案及服務幫助馬士基航運優化產品和客戶體驗。
馬士基航運在2016年12月宣布收購漢堡南美船務集團。本次收購將支持馬士基航運的增長戰略和在南北向航線的發展。收購完成后的航線網絡將帶來新的機會，有助于發展新的有競爭力的服務產品，并提升運營上的協同配合。本次收購還需要監管機構的審批，計劃在2017年底完成。在此之前，漢堡南美和馬士基航運將維持現狀，繼續各自經營業務。
